Pero fueron eliminados en cuartos de final por el Clausura en el Estadio Corregidora de Querétaro por los Gallos Blancos 2-1, y con empate en el Luis «Pirata» de la Fuente en el puerto, 2-2 en donde dos errores garrafales del portero escualo Melitón Hernández dejaron fuera al equipo jarocho. En el torneo de Clausura 2008, con tan sólo dos fechas transcurridas y debido a los malos resultados, el entrenador argentino Mohamed fue destituido, siendo sustituido por Miguel Herrera, camiseta polonia que nada pudo hacer por evitar el descenso.
